Si te interesa la teoría, la respuesta es sí, hay un cambio. Si estás interesado en la dieta, la respuesta sigue siendo sí, pero es bastante irrelevante para ti.
Hay dos tipos de reacciones de oscurecimiento, Maillard y caramelización. Ambas comienzan con moléculas altamente complicadas y terminan con diferentes tipos de moléculas altamente complicadas. Para una respuesta muy precisa a tu pregunta, uno tendría que saber cada reacción química posible que ocurre allí, la energía atrapada en los precursores y en las moléculas resultantes, y si esta energía es accesible para el cuerpo humano (por ejemplo, hay bastante energía en la gasolina cruda, pero tu cuerpo no puede extraerla si te la comes). Como estas reacciones no han sido estudiadas con este nivel de detalle, no es posible dar una respuesta realmente precisa.
Por otra parte, la tendencia sería que las calorías (al menos las digeribles) disminuyeran un poco. En primer lugar, las calorías de los aminoácidos y los carbohidratos (que son los insumos para el pardeamiento) son digeribles; algunos de los productos de la reacción pueden ser digeribles, pero no todos lo serán. En segundo lugar, algunas de las calorías desaparecerán literalmente en el aire, porque algunos de los productos de estas reacciones son volátiles.
Pero si espera reducir su ingesta de calorías dietéticas comiendo pan tostado, probablemente no habrá ninguna diferencia. En primer lugar, los efectos reductores de calorías sólo se producirán en una pequeña parte de las moléculas involucradas. Segundo, y más importante: aunque ocurriera para todas las moléculas involucradas, el tostado sólo ocurre en la superficie (teóricamente, podría ocurrir en el interior también, si lo calientas en el rango de 154°C - 190°C. Prácticamente, si se hace eso, nadie querrá comer esa comida). La superficie es bastante pequeña en comparación con el resto, supongamos una rebanada de 1 cm de espesor y un generoso oscurecimiento de 0,5 milímetros de profundidad. (Sé que la parte que se endurece es más gruesa, pero en realidad no se pone más marrón). Descartaré el agrandamiento de la superficie causado por las burbujas leudadas en la miga (porque me temo que podría terminar con una superficie fractal infinita :) ) y entonces tenemos ~10% de la rebanada dorada. Como dije, no hay posibilidad de que todas las calorías de esta parte desaparezcan por completo, y dudo que la reducción sea realmente significativa. Pero incluso si fuera un 50% realmente alto, sólo se obtiene una reducción del 5% en total, o 10 calorías por rebanada de pan blanco, menos para los panes dietéticos (y este número es sólo una conjetura de caso mejor inflado).