Por lo general, es seguro volver a congelar alimentos que nunca estuvieron a más de 40 grados. La regla general de no volver a congelar los alimentos se debe en gran medida a los cambios de sabor y textura. En el caso de las verduras o la carne, congelar, descongelar y volver a congelar puede provocar la degradación de las paredes celulares, la redistribución de los fluidos, etc. Con un caldo esto no es un problema.
En general, cuando quieras volver a congelar cualquier cosa debes descongelarla en tu nevera y no en una encimera o al aire libre. Con una sopa, suponiendo que se descongele el caldo por debajo de los 40 grados, luego se cocine y se manipule adecuadamente, no debería haber ningún problema en hacerlo.
Yo hago y congelo mis propios caldos todo el tiempo, luego hago sopas con ellos y congelo las sobras. Nunca he notado un problema de calidad al hacerlo.