Deberías estar bien. Ten en cuenta que el filete puede comerse crudo como en el steak tartare o yukhoe, y a algunas personas les gusta su filete apenas chamuscado por fuera, es decir, cocido azul.
Las enfermedades transmitidas por alimentos mueren por el calor, generalmente las pautas serían que para estar completamente seguros tendrías que calentar la carne hasta 160F, en otras palabras, bien hecho. 125F (medio raro) no es lo suficientemente caliente como para que la comida sea segura, pero la comemos así todo el tiempo porque es de bajo riesgo. En el caso de la carne, la mayoría de las veces la peligrosa bacteria está en el exterior, y es eliminada muy rápidamente por el calor. Pinchar el filete antes de que el exterior se haya cocinado lo suficiente puede llevar las bacterias al centro de la carne donde no se matarán al cocinarlo, así que puede valer la pena evitar hacerlo si se puede.
Así que es seguro comerlo, pero puede no estar lo suficientemente caliente para su gusto. En el futuro sugeriría cocinar a temperatura en lugar de tiempo, ya que hay demasiados factores (espesor de la carne, temperatura inicial, temperatura de la sartén, temperatura del aire, entrada o salida de huesos, corte, etc.) en la cocción del bistec para que el tiempo dé un resultado consistente.
