Aunque Aaronut tiene toda la razón al afirmar que sería mejor usar colorantes alternativos que no dañen la textura del glaseado, puedes usar colorantes alimentarios normales, yo lo hago bastante a menudo.
Cuando los uso en el fondant o el mazapán, la cuestión principal es la capacidad del glaseado para absorber el colorante. Tienen una capacidad limitada para tolerar el líquido, así que si necesitas un color intenso, espera un poco de pelea.
El mejor método que se me ha ocurrido, es tratarlo como si fuera un caramelo. Poner la cantidad necesaria de glaseado en un bol y hacer un pozo y suficiente material para doblarlo. Poner una pequeña cantidad de colorante y doblarlo. Tiendo a empezar por calamares en movimientos de plegado para que el líquido entre en el material, será bastante pegajoso al principio. Luego lo enrollo entre mis manos en una salchicha, lo doblo por la mitad a lo largo, lo enrollo, lo doblo, lo doblo, lo doblo…
Al principio se marmorizará, dados los pliegues, pero eventualmente se convertirá en un color sólido y se volverá menos pegajoso con cada pliegue, de manera similar a como amasar pan lo hace progresivamente más coherente.
Una vez asentado, enrolla hacia una bola/bloque en lugar de una salchicha, luego puedes enrollarlo listo para su uso. Si está una cantidad muy diminuta por encima del nivel de humedad que puede enrollar, intente incorporar una pequeña cantidad de azúcar glasé (de confitero) mientras se dobla para secarlo, como añadir harina al pan.
Funciona, pero está desordenado, quítese todos los anillos y espere necesitar lavarse mucho las manos.
Editar
Encontré un vídeo que muestra aproximadamente cómo lo haría, excepto que el demostrador tiene una forma diferente de aplicar el colorante al fondant inicialmente y está usando una cantidad mucho mayor de la que yo tiendo, así que no rueda a mano en el aire tanto como yo lo haría o tan rápido.
http://www.ehow.com/video_2333485_coloring-cake-fondant.html