Contra las respuestas anteriores: cuando se usan tomates frescos, una clave para evitar la salsa de tomate acuosa (y las salsas basadas en muchos otros tipos de purés de verduras) es hacerlos hervir rápidamente al principio.
Los tomates frescos contienen enzimas naturales que descomponen la pectina y otros componentes espesantes. Al calentar rápidamente hasta el punto de ebullición (o casi) al principio, se desactivarán estas enzimas. Luego se reducen a fuego lento para preservar los componentes del sabor durante el resto de la cocción. Si no haces este primer paso, la salsa se volverá acuosa y pasarás mucho más tiempo espesándola de nuevo por reducción (u otros medios).
Para más detalles ver las Preguntas y Respuestas aquí de Kenji Lopez-Alt (donde cita el consejo similar de Harold McGee sobre el mismo tema).
(Ten en cuenta que este consejo sólo se aplica a la salsa hecha con tomates frescos. Los tomates enlatados ya han sido calentados en el proceso de enlatado, por lo que las enzimas ya deberían estar desactivadas. Los tomates en lata pueden cocinarse a fuego lento).