La única motivación que conozco para pelar los hongos de botón, aparte de querer un aspecto muy limpio y blanco, es eliminar la suciedad, el polvo, la arenilla, el abono, etc. de la superficie sin la molestia de cepillarse o lavarse. Podría decirse que es más rápido pelar los hongos que cepillarlos (aunque no en mi experiencia) y a muchas personas no les gusta lavarlos porque absorben un poco de agua, lo que es contraproducente cuando por ejemplo, saltean. Sin embargo, pelarlas significa que estás desperdiciando algunos de tus ingredientes, e incluso una seta de botón muy sucia es trivial de limpiar lavándola o cepillándola.
Rara vez encuentro necesario limpiar las setas del supermercado en absoluto ya que tienden a estar muy limpias en el estante. Si están polvorientas, una palmadita suave con una esponja limpia y húmeda hace el truco. Le aconsejaría no pelarlas a menos que vaya a una presentación visual específica que lo requiera.
Ver también: ¿Cómo limpiar los hongos?