Suponiendo que se trata de una fondue de carne (AKA fondue bourguignonne), utilizando aceite en lugar de queso:
No hay ningún mejor o correcto aceite para utilizar - cada tipo de aceite tiene su propio sabor característico. Sin embargo, una fondue de carne generalmente implica calentar el aceite a 350-400° F (175-200° C), por lo que usted querrá tratarlo más o menos como una fritura y usar un aceite con un [ punto de humo ] relativamente alto (http://en.wikipedia.org/wiki/Smoke_point).
Eso significa, nada de aceite de oliva sin refinar, aceite de sésamo o aceite de nuez, y tenga mucho cuidado si quiere usar mantequilla (aclárelo primero). Canola, girasol, maní, semilla de uva, etc. son todas buenas opciones, o cualquiera de las versiones refinadas de oliva/sésamo/nuez con puntos de humo más altos.
Personalmente usaría aceite de oliva refinado o un aceite de sabor neutro como el de maní o girasol. La mayoría de las veces no quieres impartir sabores “extraños” a la carne, aunque supongo que podrías usar aceite de sésamo refinado para un toque asiático moderado.