Tengo un congelador entero lleno de jalapeños - así que sí, definitivamente puedes.
Definitivamente retienen su calor muy bien.
Mantienen su textura mejor si haces 2 cosas:
Usar un sellador al vacío y sacar todo el aire - para reducir la quemadura del congelador. Debido a esto, recomiendo que los congelen por lotes.
Blanquearlos por 2-3 minutos en agua hirviendo y luego dejarlos en agua congelada. Por lo que he leído, esto destruye una enzima particular que ayuda a no romper más la pimienta. He hecho esto y no he hecho esto - y hacerlo definitivamente ayuda a la textura.
Deberían estar bien por un poco más de un año en una bolsa sellada al vacío - en cuanto a la textura se refiere. Nunca deben _ ir mal_ de otra manera.
Cos y Sobachatina - traen otro buen punto: congelamiento rápido y efectivo. Puedes probar el método de AB que Cos señala, pero yo hago lo que hace la Sobachatina. Congelar en una sola capa en una bandeja en el congelador. Se congelan más rápido y mejor que si se tiran en una bolsa.