Realmente no hay ninguna diferencia práctica; la definición de diccionario de una sopa es:
un alimento líquido hecho hirviendo o cocinando a fuego lento carne, pescado o verduras con varios ingredientes añadidos.
Que también se aplica a cualquier guiso que se pueda concebir.
La diferencia técnica, muy matizada, es de énfasis e intención. Guisar es un método de cocción de los sólidos (en concreto, un método lento y de calor húmedo). Cuando se hace un estofado de ternera, se está guisando la carne, lo que no dice nada de lo que se está guisando en. Por otro lado, cuando se hace una sopa de pollo (o un caldo de pollo que es la base de una sopa de pollo), el objetivo es esencialmente hacer un líquido con sabor a pollo, para extraer el sabor de los sólidos en el líquido. Si quedan algunos sólidos con sabor, es algo incidental y no intencionado.
En la práctica, en un guiso también se extrae algo de sabor, lo que ocurre es que el objetivo principal es cocinar la carne y las verduras. Una sopa es más probable que contenga ingredientes crudos o apenas cocidos, y un guiso es más probable que conserve el sabor original de los sólidos y/o líquidos, pero eso es una generalización muy amplia y a lo que se reduce (ja, ja) en la práctica parece depender en gran medida de la cultura y del propio plato.
Un guiso no es simplemente una sopa espesa o con trozos, a pesar de que mucha gente lo considera así. Como en el caso anterior, eso parece ser más común con los guisos, pero no forma parte de la definición, y los franceses tienen media docena de categorías para sopas espesas que podrían describirse fácilmente como con la consistencia general de un “guiso”.