Suena como si no hubieras usado gelatina pura, sino un producto premezclado. La forma en que lo describes, con secciones que están fijas y secciones aún líquidas, me suena como un problema de aglomeración. Las extrañas instrucciones que mencionas aumentan mis sospechas.
Normalmente, si pones la gelatina seca en agua caliente, partes de ella cambiarán inmediatamente, mientras que otras permanecerán secas. Es por eso que se hace florecer la gelatina en agua fría hasta que esté completamente hidratada, y luego se derrite suavemente a fuego lento. Demasiado calor inhibirá el ajuste. Supongo que el fabricante de la mezcla creó un polvo de gelatina más fino de lo habitual y lo mezcló con otra cosa, probablemente dextrosa, para asegurar la inmediata dispersión e hidratación sin aglutinarse, y probablemente funciona lo suficientemente bien en la mayoría de los casos.
Hay varias cosas que pueden haber salido mal para usted. Tal vez tu tazón de pirex no tenía suficiente masa térmica para enfriar el agua lo suficiente antes de añadir el paquete y la gelatina se sobrecalentó ligeramente. Tal vez habías almacenado el paquete no lo suficientemente seco, por lo que la dextrosa se aglomeró durante el almacenamiento y ahora la gelatina no se dispersó, por lo que se mantuvo en trozos después de golpear el agua. Tal vez no la revolviste lo suficientemente bien como para mezclarla uniformemente. O algo totalmente distinto, las instrucciones no parecen ser la mejor manera de manejar la gelatina.
Puedes intentar guardar el siguiente paquete. Comenzaría por dejar enfriar el agua un poco antes de mezclar la gelatina, tal vez 75 u 80°C. Luego miraría bien el contenido del paquete. Si hay grumos en él, hay una buena posibilidad de que no funcione correctamente. No sé qué ayudará en este caso, tal vez ponerlo en un procesador de alimentos. (El simple hecho de tamizar los grumos no es bueno; puedes estar tirando la gelatina y conservando la dextrosa). Entonces yo trataría de darle una buena y minuciosa agitación antes de agregar el agua fría, para que todo se disuelva perfectamente, y otra agitación minuciosa después del agua fría, para que tenga la misma temperatura y concentración en todas partes.
No puedo prometer que esto ayude (puede que haya hecho falsas suposiciones aquí, al no haber usado nunca un paquete de gelatina premezclada), pero parece la solución más probable.
Actualización Kristina López dice que una temperatura inicial más baja no funcionará con la gelatina. Lo propuse porque la gelatina es suceptible de sobrecalentarse, pero no consideré que tal vez empezar a bajar la temperatura impida que se disuelva lo suficiente una vez que el líquido frío se remueve. Supongo que todavía se pueden probar diferentes estrategias de calentamiento, pero si alguien puede predecir cómo resultarán, no soy yo, obviamente mi experiencia con la gelatina pura no es suficiente aquí. Así que estoy golpeando esa parte de la respuesta y dejando en la sugerencia de ruptura de grupos, ya que esto es algo de lo que estoy más seguro. (He tenido este problema con mezclas de otros agentes gelificantes, por ejemplo azúcar de mermelada).