Ambos son de maíz molido (maíz, como lo tendrían en Europa). La diferencia es que la harina de maíz suele molerse con una textura mucho más fina que la harina de maíz.
Aunque en algunos contextos (como en el caso del pollo para empanar), se pueden utilizar ambos, se obtendrán resultados de textura diferentes. Por ejemplo, los muffins de maíz se hacen normalmente con harina de maíz, y si se hacen con harina de maíz, serían mucho más densos y sin la sensación en la boca que proporcionan los granulados individuales de harina de maíz.
Actualización: en algunos lugares, polenta es otro término para la harina de maíz (así como para las gachas o la pasta hecha con la harina de maíz).
Masa es maíz seco tratado con lejía, que ha sido molido. Se utiliza ampliamente en las cocinas del suroeste, centro y sur de América, incluso para las icónicas tortillas de maíz, y para los tamales.