Si quieres usarlas en la cocina, te recomendaría ponerlas en una bolsita (una pequeña bolsa hecha de tela de queso/muselina atada con hilo de cocina), ya que conozco a algunas personas a las que no les gusta comer las flores, pero disfrutan del sabor amargo que añaden a un plato.
Sin embargo, son comestibles, así que si resulta que te gustan, son una bonita guarnición para una ensalada. No soy un gran fan, así que generalmente me atengo a la sugerencia de Martha y las mantengo pellizcadas para que la planta produzca más hojas.
Una vez que aparecen las flores, la energía y los recursos de la planta se dedican más a la floración, y el crecimiento de las hojas sufre. Como mencioné en mi comentario sobre la respuesta de Martha, encuentro que cuando el crecimiento de las hojas sufre, el sabor de las hojas sufre también.
Este sitio recomienda poner las flores de albahaca en aceite de oliva, agitarlas y dejarlas en el alféizar de una ventana durante un mes para hacer un ligero aceite de oliva de albahaca. Nunca he probado esto, y estoy interesado, aunque soy un poco cauteloso de dejar el aceite de oliva en un recipiente claro al sol durante un mes. La idea general parece genial, sin embargo.